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El Byakugan se caracteriza porque el que lo tiene, al usarlo aparecen venas alrededor de los ojos (además todo el clan se caracteriza por tener los ojos blancos), esta habilidad permite ver en un radio de 360 grados, excepto justo detrás de la primera vértebra, ahí su vista es nula. Los pertenecientes al Clan Hyuga lo mezclan con su taijutsu especial, esta mezcla es una gran combinación, ya que el Byakugan revela los puntos por donde corre el flujo de chakra de su enemigo (361 puntos, de ellos 64 principales), permitiendo al usuario saber donde se ubican y golpearlos con las palmas de las manos (o cualquier otra parte del cuerpo, pero ello conlleva una mayor dificultad) mediante un taijutsu llamado "Juuken" ('Golpe Apacible' o 'Golpe Suave', depende de la traducción), que al ser golpeado tus puntos vitales van flaqueando y mientras más eres golpeado, menos chakra puedes controlar y al final es casi imposible ejecutar ningún Jutsu (en español 'técnica'). En resumen obstruye los flujos de chakra del oponente para que no pueda manipular su chakra correctamente. debemos recordar que las personas que más han desarrollado este Kekkei Genkai (linea sucesoria) son Hiashi y Neji Hyuga capaces de controlar el Kaiten. 
El Sharingan es un Dōjutsu (técnica ocular); se caracteriza porque el que lo tiene, una capa de sangre cubre la pupila haciendo el ojo color rojo, con una, dos o tres marcas en forma de coma apuntando a la pupila dependiendo del desarrollo de su técnica. Con esta técnica, su propietario es capaz de copiar las técnicas de sus enemigos, incluyendo Taijutsu (cuerpo a cuerpo), Genjutsu (técnicas ilusorias) y Ninjutsu (técnicas ninja). Además puede anticiparse a los movimi entos del contrario y verlos por muy rápidos que sean.
El Sharingan no puede leer la mente, pero una buena combinación de Genjutsu e imitación de técnicas en tiempo real mediante Sharingan, puede hacer creer que se puede leer la mente o futuro.
Los pasos que sigue para aparentar leer el futuro o la mente es mediante la combinación del ojo detector y el ojo hipnótico. Los pasos son:
Copiar la forma: Así imita todos los movimientos del rival.
Copiar la técnica: Imita los sellos y la forma de controlar el chakra para realizar la misma técnica.
Aparte de los miembros del clan Uchiha, Kakashi Hatake también tiene un Sharingan en su ojo izquierdo, ya que Obito Uchiha se lo dio antes de morir teniéndolo activado de manera permanente, como se narra en el Kakashi Gaiden.
Esta forma avanzada del Sharingan concede a su portador un poder y unas técnicas totalmente devastadoras, aunque consume una gran cantidad de chakra. Conduce además a su usuario a una ceguera inevitable conforme se va usando. La unica forma de contrarrestar esto, según Itachi, es conseguir los ojos de algun miembro de la familia, como lo hiciera Madara con su hermano en el pasado. Esa es la razon real por la cual deja vivo a Sasuke.
El diseño del Mangekyō Sharingan varía de un usuario a otro. Asimismo, el diseño del Mangekyō Sharingan de Madara después de arrancarle los ojos a su hermano, se convierte en una mezcla de su propio diseño con el de su hermano.
Otra de las habilidades de este dōjutsu es la de controlar a Kyūbi, como confirman los grabados de la guarida Uchiha y el propio Itachi.
TECNICAS:
Amaterasu
Esta técnica reside en el ojo derecho de Itachi, supone un gasto de chakra muy considerable y la aparición del fuego negro sobreviene con la mirada del Uchiha, que sólo puede controlarlo cerrando su propio ojo.
Como limitaciones más grandes de esta técnica tan compleja y sofisticada, estaría el desgaste mental y de chakra, para crear la ilusión, del creador, limitándole a un mínimo de reproducciones al día.
En teoría, únicamente otro portador del Mangekyō Sharingan podría ser capaz de plantar cara a este gentjutsu y deshacer la ilusión. Sin embargo, en el combate entre Itachi y Sasuke, este último fue capaz de rechazar el Tsukiyomi de su hermano sin poseer el Mangekyō, asegurando que se debe a la fuerza de su odio contra él. Esto sorprendió al propio Itachi y a Zetsu, que observaba el combate. El rechazo de la técnica pareció provocar dolor en el ojo izquierdo de Itachi.
El Rin'negan (Ojo de Metempsicosis u ojo de Samsara) es, según Jiraiya, el dōjutsu más fuerte de los tres legendarios que existen. Por su propio nombre, parece indicar que permite a una alma cambiar de cuerpo, aunque los pormenores de técnica quedan sin revelar. Esta técnica, que se creía legendaria, era posesión del Maestro de los 6 caminos, el creador del ninjutsu moderno. La técnica reapareció en Nagato, un chico de la Aldea Oculta de la Lluvia que quedó huérfano en una guerra de ésta con Konoha. Jiraiya decidió encargarse de cuidar de Nagato y sus compañeros Konan y Yahiko tras encontrase con ellos. Fue el responsable del entrenamiento de los mismos en las artes ninja más básicas, cosa que hizo tras descubrir que Nagato poseía esta técnica. Después de que Jiraiya decidiera terminar el entrenamiento cuando lo consideró oportuno, los tres jóvenes siguieron su propio camino. Gracias a su Rin'negan años más tarde Nagato posiblemente habita el cuerpo de Yahiko, y se hacía llamar Pein (Lider de Akatsuki) y para luego mas tarde para pelear con Jiraiya, se traslada a un cuerpo parecido al de Deidara, pero que más tarde se descubre por una cicatríz en la frente que éste es un ninja con el cual Jiraiya se había enfrentado anteriormente. Con el Rin'negan el usuario puede dominar los cinco elemetos y tambien varios cuerpos, y los ojos de éstos son usados para ver de varios ángulos al oponente en un mismo instante, y detectar cualquier movimiento. Es así que los 6 cuerpos de Pein, en la pelea contra Jiraiya, pueden detectar y esquivar fácilmente los ataques del Sannin. Además permite al usuario realizar jutsus de todos los elementos y copiar cualquier ninjutsu. El mensaje descifrado de Jiraiya a dado a entender, que el verdadero Pein, no está entre ellos, y que los seis cuerpos son controlados por el verdadero desde otra localización que hasta ahora no se conoce. También se sabe que cuando pierde un cuerpo puede volver a reponerlo. Se dice que el poseedor del Rin'negan es un dios, que puede dar origen y fin al universo. Nagato tiene el poder de revivir y dar su chakra y tecnicas a cuerpos muertos esto lo hace mediante una tecnica de posesión de cuerpos parecida a las del clan de los Yamanaka, peroa diferencia que el los controla con una tecnica más avanzada, que consta de instalar en el cuerpo muerto unas varas que absorben chakra entonces por medio de eso el puede controlar y dar su chakra y tecnicas a los 6 cuerpos de Pein.
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